El Seminario Teológico Reformado Farel trabaja en primer lugar al servidor del Presbiterio de la Iglesia Presbiteriana y Reformada de Costa Rica (IPRCR) y está sujeto a su supervisión y revisión continua.
Confesamos nuestro compromiso con las Sagradas Escrituras como la Palabra de Dios infalible e inherente y afirmamos el compromiso total con el resumen de las doctrinas de la Escritura que se hallan en los documentos confesionales de la Iglesia: Las Tres Formas de Unidad, la Confesión de Fe de Westminster y los Catecismos Menor y Mayor de Westminster.
El seminario está comprometido también con todos los credos ecuménicos reconocidos por la Iglesia histórica: El Credo Apostólico, Niceno y de Atanasio.
Todo profesor debe afirmar sin lugar a dudas su compromiso con estos documentos y sus enseñanzas y prometer instruir de acuerdo con su contenido en toda materia que imparta. También se requiere que cada profesor reciba la aprobación del Presbiterio Nacional para poder servir en calidad de profesor en el seminario.